在石林地貌的地质演化过程中,石林地区的地理环境也发生了很大变化,经历了从海洋到陆地、从低地到高原的过程,随着纬度和海拔的增高,气候也从炎热湿润的热带气候转变为现今的亚热带高原季风气候。
石林地区保存和展示了典型的亚热带高原喀斯特生态系统。主要有4种喀斯特森林,即: 长绿阔叶林、硬叶长绿阔叶林、落叶阔叶林、暖性针叶林。常绿阔叶中的高山栲林、滇青冈林等为滇东喀斯特高原的代表性植被类型。此外石林地区还拥有多种受保护的动植物。