1931年建立石林公园，成立管理机构，1992成立年石林风景名胜区管理局，2001年石林成为首批国家地质公园，2002年5月成立石林地质公园管理局，行使对石林国家地质公园的保护、开发与利用，机构与石林风景名胜区合署，实行一套班子，多块牌子的综合管理。

石林世界地质公园的管理机构为石林风景名胜区管理局，依法行使对公园的保护开发管理。截止2020年9月有正式职工193人，下设10个处室：党群处、办公室、资源管理处、市场营销处、计财处、旅游服务处、综合执法处、乃古石林管理处、长湖管理处、大叠水管理处。

业务有省、市、县林草、住建、环保、水力、规划、文化与旅游管理等部门的指导，不定期邀请大专院校和科研部门专家指导业务。

石林风景名胜区管理局还在公园范围所涉及的乡和村长期聘用兼职保护人员数十人，对公园进行监护，逐步形成管理监测网络。