大石林的颜色是浅灰色的,而乃古石林的颜色却是灰黑色的。主要原因是岩石的成分不同。大石林的岩石是较纯净的石灰岩,主要矿物成分是方解石(含钙)。而乃古石林的岩石是白云质灰岩和硅质灰岩,矿物成分除了方解石以外,还有白云石(含镁)和燧石(含硅),因此岩石风化以后颜色差别很大。其次,岩石表面苔藓地衣的生长也加深了的岩石的颜色。