清水塘-石厢子石林位于公园中部,展示了自然状态下的石林地貌。在开阔起伏的高原面上,石林成片分布于山顶、斜坡、洼地和湖泊中。位于不同海拔高度的石林片从反映了他们形成的年代关系,老的石林位于高处,新的石林位于地处。这里也石林及相关的喀斯特地貌,如石牙、溶丘、洼地、漏斗、溶蚀湖等。
清水塘-石厢子石林保存河展示了许多反映石林演变的重要地质证据,在清水塘附近可以看到残余的二叠纪玄武岩覆盖在最早期的喀斯特地形上;不远处又可以看到始新纪湖泊的底砾岩和红层覆盖在中生代末期及古新世的喀斯特地形上。